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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Café. |
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Data corrente: |
06/05/2019 |
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Data da última atualização: |
06/05/2019 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
SANT'ANA, G. C.; PEREIRA, L. F. P.; POT, D.; IVAMOTO, S. T.; DOMINGUES, D. S.; FERREIRA, R. V.; PAGIATTO, N. F.; SILVA, B. S. R. da; NOGUEIRA, L. M.; KITZBERGER, C. S. G.; SCHOLZ, M. B. S.; OLIVEIRA, F. F. de; SERA, G. H.; PADILHA, L.; LABOUISSE, J-P.; GUYOT, R.; CHARMETANT, P.; LEROY, T. |
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Afiliação: |
Gustavo C. Sant'Ana, Instituto Agronômico do Paraná - IAPAR/Laboratório de Biotecnologia Vegetal; LUIZ FILIPE PROTASIO PEREIRA, CNPCa; David Pot, CIRAD, UMR AGAP; Suzana T. Ivamoto, Universidade Estadual Paulista/Instituto de Biociências; Douglas S. Domingues, Universidade Estadual Paulista/Instituto de Biociências; Rafaelle V. Ferreira, Instituto Agronômico do Paraná - IAPAR/Laboratório de Biotecnologia Vegetal; Natalia F. Pagiatto, Instituto Agronômico do Paraná - IAPAR/Laboratório de Biotecnologia Vegetal; Bruna S. R. da Silva, Instituto Agronômico do Paraná - IAPAR/Laboratório de Biotecnologia Vegetal; Lívia M. Nogueira, Instituto Agronômico do Paraná - IAPAR/Laboratório de Biotecnologia Vegetal; Cintia S. G. Kitzberger, Instituto Agronômico do Paraná - IAPAR/Laboratório de Biotecnologia Vegetal; Maria B. S. Scholz, Instituto Agronômico do Paraná - IAPAR/Laboratório de Biotecnologia Vegetal; Fernanda F. de Oliveira, Instituto Agronômico do Paraná - IAPAR/Laboratório de Biotecnologia Vegetal; Gustavo H. Sera, Instituto Agronômico do Paraná - IAPAR/Laboratório de Biotecnologia Vegetal; LILIAN PADILHA, CNPCa; Jean-Pierre Labouisse, AGAP, University Montpellier, CIRAD, INRA, Montpellier SupAgro; Romain Guyot, IRD, CIRAD, Universit Montpellier; Pierre Charmetant, AGAP, University Montpellier, CIRAD, INRA, Montpellier SupAgro; Thierry Leroy, AGAP, University Montpellier, CIRAD, INRA, Montpellier SupAgro. |
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Título: |
Genome-wide association study reveals candidate genes influencing lipids and diterpenes contents in Coffea arabica L . |
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Ano de publicação: |
2018 |
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Fonte/Imprenta: |
Scientific Reports, v. 8, n. 465, p. 1-12, 2018 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Lipids, including the diterpenes cafestol and kahweol, are key compounds that contribute to the quality of coffee beverages. We determined total lipid content and cafestol and kahweol concentrations in green beans and genotyped 107 Coffea arabica accessions, including wild genotypes from the historical FAO collection from Ethiopia. A genome-wide association study was performed to identify genomic regions associated with lipid, cafestol and kahweol contents and cafestol/kahweol ratio. Using the diploid Coffea canephora genome as a reference, we identified 6,696 SNPs. Population structure analyses suggested the presence of two to three groups (K = 2 and K = 3) corresponding to the east and west sides of the Great Rift Valley and an additional group formed by wild accessions collected in western forests. We identified 5 SNPs associated with lipid content, 4 with cafestol, 3 with kahweol and 9 with cafestol/kahweol ratio. Most of these SNPs are located inside or near candidate genes related to metabolic pathways of these chemical compounds in coffee beans. In addition, three trait-associated SNPs showed evidence of directional selection among cultivated and wild coffee accessions. Our results also confirm a great allelic richness in wild accessions from Ethiopia, especially in accessions originating from forests in the west side of the Great Rift Valley. |
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Palavras-Chave: |
Quality of coffee beverages. |
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Thesaurus Nal: |
Genome; Genomics; Green beans; Lipids. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/196973/1/Genome-wide-association-study-reveals.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Café (CNPCa) |
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| Registros recuperados : 21 | |
| 4. |  | PASSIANOTTO, A. L. de L.; SILVA, D. C. G. da; NOGUEIRA, L. M.; SANTOS, J. V. M. dos; NEPOMUCENO, A. L.; ABDELNOOR, R. V.; YAMANAKA, N. Caracterização de dois genes de resistência à ferrugem asiática da soja, Rpp2 e Rpp4, utilizando marcadores moleculares. Fitopatologia Brasileira, Brasília, DF, v. 32, p. S209, ago. 2007. Suplemento, resumo 0497. Edição dos Resumos do XL Congresso Brasileiro de Fitopatologia, Maringá, PR, ago. 2007.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Nacional - A |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 5. | | WALTER, B. M. T.; MEDEIROS, M. B. de; FONTES, C. G.; SILVA, G. P. da; ALBUQUERQUE, R. W. de; NOGUEIRA, L. M. G. Fitossociologia de cinco matas de córregos afluentes do rio Tocantins, na região da usina hidrelétrica de estreito, MA/TO. In: SIMPÓSIO NACIONAL CERRADO, 9.; SIMPÓSIO INTERNACIONAL SAVANAS TROPICAIS, 2., 2008, Brasília, DF. Desafios e estratégias para o equilíbrio entre sociedade, agronegócio e recursos naturais: anais... Planaltina, DF: Embrapa Cerrados, 2008. 1 CD-ROM. Organizado por Fábio Gelape Faleiro e Austeclínio Lopes de Farias Neto. Apresentado também no:SIMPÓSIO NACIONAL CERRADO, 9; SIMPÓSIO INTERNACIONAL SAVANAS TROPICAIS, 2., 2009, Planaltina. Menções honrosas. Planaltina, DF: Embrapa Cerrados, 2009. 498 p. il. color. Editado por: Fábio Gelape Faleiro e...| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 6. | | NOGUEIRA, L. M.; PASSIANOTTO, A. L. L.; SILVA, D. C. G. da; SANTOS, J. V. M.; ARIAS, C. A. A.; ABDELNOOR, R. V.; YAMANAKA, N. Os genes de resistência à ferrugem asiática da soja, Rpp2 e Rpp4, apresentam efeitos não-aditivos quando acumulados em uma variedade. Tropical Plant Pathology, Brasília, DF, v. 33, p. S 204, ago. 2008. Suplemento. Edição dos Resumos apresentado no XLI Congresso Brasileiro de Fitopatologia, Belo Horizonte, ago., 2008.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Internacional - A |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 7. | | PASSIANOTTO, A. L. de L.; NOGUEIRA, L. M.; SILVA, D. C. G. da; ABDELNOOR, R. V.; NEPOMUCENO, A. L.; YAMANAKA, N. Resistência à ferrugem asiática da soja em genótipos do Japão e do Nordeste da China. In: JORNADA ACADÊMICA DA EMBRAPA SOJA, 2., 2006, Londrina. Resumos expandidos. Londrina: Embrapa Soja, 2006. p. 180-185. (Embrapa Soja. Documentos, 276).| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 8. | | PASSIANOTTO, A. L. de L.; NOGUEIRA, L. M.; SILVA, D. C. G. da; ABDELNOOR, R. V.; NEPOMUCENO, A. L.; YAMANAKA, N. Resistência à ferrugem asiática da soja em genótipos do Japão e do Noroeste da China. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 4., 2006, Londrina. Resumos... Londrina: Embrapa Soja, 2006. p. 104-105. Organizado por Odilon Ferreira Saraiva, Simone Ery Grosskopf.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 9. | | SILVA, D. C. G. da; YAMANAKA, N.; BROGIN, R. L.; ARIAS, C. A. A.; NEPOMUCENO, A. L.; DI MAURO, A. O.; NOGUEIRA, L. M.; PASSIANOTTO, A. L. de L.; PEREIRA, S. dos S.; ABDELNOOR, R. V. Mapeamento do gene Rpp2 que confere resistência à ferrugem asiática da soja. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 4., 2006, Londrina. Resumos... Londrina: Embrapa Soja, 2006. p. 45. Organizado por Odilon Ferreira Saraiva, Simone Ery Grosskopf.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 10. | | SILVA, D. C. G. da; YAMANAKA, N.; BROGIN, R. L.; ARIAS, C. A. A.; NEPOMUCENO, A. L.; DI MAURO, A. O.; NOGUEIRA, L. M.; PASSIANOTTO, A. L. de L.; PEREIRA, S. dos S.; ABDELNOOR, R. V. Mapeamento do gene Rpp4 que confere resistência à ferrugem asiática da soja. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 4., 2006, Londrina. Resumos... Londrina: Embrapa Soja, 2006. p. 45. Organizado por Odilon Ferreira Saraiva, Simone Ery Grosskopf.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 11. | | SILVA, D. C. G da; YAMANAKA, N.; POLIZEL, A. M.; BROGIN, R. L.; PEREIRA, S. dos S.; NOGUEIRA, L. M.; PASSIANOTTO, A. L DE L.; CATELLI, L. L.; ARIAS, C. A. A.; NEPOMUCENO, A. L.; ABDELNOOR, R. V. Mapeamento de genes de resistência à ferrugem asiática da soja. In: CONGRESO DE SOJA DEL MERCOSUR, 3., 2006, Rosário. Mercosoja 2006: mesas científico-técnicas, resúmenes expandidos / comunicaciones. Rosário: Associación de la Cadena de Soja Argentina, 2006. 253-256.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 12. | | NOGUEIRA, L. M.; HOFFMANN-CAMPO, C. B.; PASSIANOTTO, A. L. de L.; GRAÇA, J. P. da; ABRÃO, M. Z.; PEREIRA, S. dos S.; SILVA, D. C. G. da; NEPOMUCENO, A. L.; ABDELNOOR, R. V.; YAMANAKA, N. Estudos preliminares relacionados ao metabolismo de resistência e tolerância à ferrugem asiática da soja. In: JORNADA ACADÊMICA DA EMBRAPA SOJA, 2., 2006, Londrina. Resumos expandidos. Londrina: Embrapa Soja, 2006. p. 186-191. (Embrapa Soja. Documentos, 276).| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 13. | | YAMANAKA, N.; SILVA, D. C. G.; PASSIANOTTO, A. L. de L.; NOGUEIRA, L. M.; POLIZEL, A.; PEREIRA, S. S.; SANTOS, J. V. M.; BROGIN, R. L.; ARIAS, C. A. A.; HOFFMANN-CAMPO, C. B.; NEPOMUCENO, A. L.; ABDELNOOR, R. V. Genetic studies on resistance against soybean rust. In: SOUTH AMERICAN WORKSHOP ON SOYBEAN RUST, 2006, Londrina. Abstracts and program... Londrina: JIRCAS, 2006. p. 18| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 14. | | SANTOS, J. V. M. dos; YAMANAKA, N.; SILVA, D. C. G. da; PASSIANOTTO, A. L. de L.; NOGUEIRA, L. M.; TOBITA, S.; ARIAS, C. A. A.; NEPOMUCENO, A. L.; ABDELNOOR, R. V. Desenvolvimento de linhagens endogâmicas recombinantes para a análise genética da tolerância à ferrugem asiática da soja. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 4., 2007, São Lourenço. Anais... São Lourenço: Sociedade Brasileira de Melhoramento de Plantas, 2007. 1 CD-ROM. Pdf. 279.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica | Circulação/Nível: -- - -- |
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| 15. | | SANTOS, J. V. M. dos; YAMANAKA, N.; SILVA, D. C. G. da; PASSIANOTTO, A. L. L.; NOGUEIRA, L. M.; TOBITA, S.; ARIAS, C. A. A.; NEPOMUCENO, A. L.; ABDELNOOR, R. V. Desenvolvimento de linhagens endogâmicas recombinantes para a análise genética da tolerância à ferrugem asiática da soja. In: JORNADA ACADÊMICA DA EMBRAPA SOJA, 3., 2008, Londrina. Resumos expandidos... Londrina: Embrapa Soja, 2008. p. 82-86 (Embrapa Soja. Documentos, 297).| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 16. | | SILVA, D. C. G.; YAMANAKA, N.; BROGIN, R. L.; ARIAS, C. A. A.; NEPOMUCENO, A. L.; DI MAURO, A. O.; PEREIRA, S. S.; NOGUEIRA, L. M.; PASSIANOTTO, A. L. L.; ABDELNOOR, R. V. Molecular mapping of two loci that confer resistance to asian rust in soybean. Theoretical and Applied Genetics, v. 117, n. 1, p. 57-63, 2008.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Internacional - A |
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| 17. | | PEREIRA, S. dos S.; SILVA, D. C. G. da; YAMANAKA, N.; NOGUEIRA, L. M.; PASSIANOTTO, A. L. de L.; SANTOS, J. V. M. dos; ARIAS, C. A. A.; NEPOMUCENO, A. L.; ABDELNOOR, R. V. Saturação com marcadores de microssatélites dos grupos J e G nas regiões de ligação dos genes de resistência à ferrugem asiática da soja. In: JORNADA ACADÊMICA DA EMBRAPA SOJA, 2., 2006, Londrina. Resumos expandidos. Londrina: Embrapa Soja, 2006. p. 175-179. (Embrapa Soja. Documentos, 276).| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 18. | | SILVA, D. C. G.; MORTEL, M. van de; WHITHAM, S.; BAUM, T.; PASSIANOTTO, A. L. de L.; NOGUEIRA, L. M.; BENEVENTI, M. A.; BINNECK, E.; YAMANAKA, N.; NEPOMUCENO, A. L.; ALMEIDA, A. M. R.; DI MAURO, A. O.; ABDELNOOR, R. V. Construção e análise de bibliotecas subtrativas de cDNA de genótipos de soja sob interação com o fungo causador da ferrugem asiática. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 52.; CONGRESO DE LA ASOCIACIÓN LATINOAMERICANA DE GENÉTICA, 12., 2006, Foz do Iguaçu. Resumos... Ribeirão Preto, SP: Sociedade Brasileira de Genética, 2006. 1 CD-ROM. Área Plantas - pdf 1270.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 19. | | YAMANAKA, N.; SILVA, D. C. G. da; PASSIANOTTO, A. L. de L.; NOGUEIRA, L. M.; POLIZEL, A. M.; PEREIRA, S. dos S.; SANTOS, J. V. M. dos; BROGIN, R. L.; ARIAS, C. A. A.; HOFFMANN-CAMPO, C. B.; NEPOMUCENO, A. L.; ABDELNOOR, R. V. Identification of DNA markers and characterization of the genes for resistance against asian soybean rust. In: KUDO, H.; SUENAGA, K.; SOARES, R. M.; TOLEDO, A. (Ed.). Facing the challenge of soybean rust in South America. Tsukuba: JIRCAS; Londrina: Embrapa Soybean, 2008. p. 99-107. (JIRCAS Working Report, 58).| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
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| 20. | | ARIYOSHI, C.; SANT'ANA, G. C.; FELICIO, M. S.; SERA, G. H.; NOGUEIRA, L. M.; RODRIGUES, L. M. R.; FERREIRA, R. V.; SILVA, B. S. R. da; RESENDE, M. L. V. de; DESTÉFANO, S. A. L.; DOMINGUES, D. S.; PEREIRA, L. F. P. Genome-wide association study for resistance to Pseudomonas syringae pv. garcae in Coffea arabica. Frontiers in Plant Science, v. 13, article 989847, 2022.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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